건국대학교 대학원은 민주교육의 근본이념을 기초로 인류사회의 발전에 필요한 심오한 학술이론과 학문분야에 대한 지도능력과 독창력을 함양하여 지도자적 인력을 도야하고 선진학문과 문화발전에 기여하고자 1959년에 설치되었다.
개원 이래 각 과정의 학과 및 전공영역별로 세분화를 기해 현재 5개 계열 70개 학과 석사학위 과정과 5개 계열 60개 학과의 박사학위과정이 설치되어 있으며 4개의 학과 간 협동과정과 24개의 학*연*산 협동과정을 운영하고 있다.