건국대학교 행정대학원은 1967년 1월 교육부의 승인을 얻어 사립대학교로서는 최초로 설치되어 종로구 낙원동분교에서 개원하였다.
설립 당시에는 행정학과에 10개의 전공과정을 두어 단일학과로 운영해 오다가 격증하는 사회적 수요와 학문분야의 독자성을 감안하여 부동산학분야와 교육행정분야를 1972년과 1973년에 각각 독립시켜 독립학과로 승격시켰다.

1980년에는 도시개발학과를 신설함과 동시에 교육행정학과를 본교에 설치된 교육대학원으로 승격 발전시키기에 이르렀다. 또한 1981년과 1983년에는 노사행정학과와 세무행정학과를 1999년에 사회복지학과, 2001년에는 남북한관계학과, 법무학과를 차례로 신설하였다. 또한 부동산학과는 부동산대학원으로 독립, 개편하였다.

2006년에는 도시및지역계획학과 신설하였으며 2021년에는 의료행정학과, 2023년에는 물류관세학과를 신설함으로써 본 행정대학원이 7개학과를 보유하게 되어 현재는 공공정책학과, 사회복지학과, 법무학과, 도시및지역계획학과, 국가정보학과, 의료행정학과, 물류관세학과로 7개의 정규학과를 운영함과 동시에 정부기관과 지역자치단체, 산업체 등과 정원 외의 계약 위탁교육을 실시하고 있다. 이 밖에 글로벌 CEO과정, 창조농업경영 CEO(Agrigento)과정, 심리상담사과정 등 최고위과정을 다수 운영하는 등 다양화된 융·복합 교육기관으로 성장 발전하였다.

그리하여, 건국대학교 행정대학원은 2024년 8월 현재 석사 4,480명, 연구과정 317명, 각 층 최고 관리자과정 2,629명, 고위정책(골프) 관리자과정 105명, 전문여성 최고경영자과정 163명 및 도시전문가과정 50명을 배출하여 총 7,744명의 건국가족을 형성하기에 이르렀다. 이들의 면면을 보면 변호사·공인회계사·세무사·관세사 등 전문직, 대기업체임원·중소기업체 CEO 등 사업가, 행정공무원·경찰공무원·정보기관공무원·군인 등 공직자, 교수 ·교사 등 교육자, 국회의원·지방의회의원·지방자치단체장 등 정치인, 공사기업체 직원, 사회복지사, 도시 및 지역계획전문가, 개인사업자, 의료종사자, 기타에 이르기까지 다양한 면모를 보이고 있다.